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Departamento de Energía de los Estados Unidos anunció que están utilizando la supercomputadora Summit de IBM para analizar comportamiento del COVID-19 ante 8.000 compuestos biológicos.
Los científicos van a contra reloj en la lucha contra la epidemia COVID-19 que ha afectado a 84 países. Recientemente, el Departamento de Energía de los Estados Unidos anunció que están utilizando la supercomputadora Summit de IBM para analizar comportamiento del COVID-19 ante 8.000 compuestos biológicos, según confirmó Dave Turek, Vicepresidente de Informática Técnica, IBM Cognitive Systems.
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Acelerando el estudio del virus
Los virus infectan las células uniéndose a ellas y usando una “aguja” para inyectar su material genético en la célula huésped. Al tratar de entender nuevos compuestos biológicos, como los virus, los investigadores de los laboratorios húmedos hacen crecer la colonia del microorganismo y ven cómo reacciona en la vida real a la introducción de nuevos compuestos. Esto puede ser un proceso lento sin computadoras capaces de realizar simulaciones para reducir el rango de variables potenciales, pero incluso entonces hay desafíos.
Explica Turek que las simulaciones por computadora pueden examinar cómo reaccionan las diferentes variables con diferentes virus, pero cuando cada una de estas variables individuales está compuesta por millones o incluso miles de millones de datos únicos y con la necesidad de ejecutar múltiples simulaciones, esto puede convertirse en un proceso que consume mucho tiempo utilizando hardware básico.
Máximo rendimiento
Utilizando Summit, los investigadores fueron capaces de simular 8.000 compuestos en cuestión de días para modelar que podrían afectar ese proceso de infección al pico del virus, y han identificado 77 compuestos de moléculas pequeñas, como medicamentos y compuestos naturales, que han demostrado el potencial de afectar la capacidad de COVID-19 para acoplar e infectar las células huésped.
“Se necesitaba una cumbre para obtener rápidamente los resultados de simulación que necesitábamos. Nos llevó uno o dos días, mientras que habría tomado meses en una computadora normal”, dijo Jeremy Smith, Governor´s Chair de la Universidad de Tennessee, director del Centro UT/ORNL para biofísica molecular e investigador principal en el estudio.
“Nuestros resultados no significan que hayamos encontrado una cura o tratamiento para el coronavirus. Estamos muy esperanzados, que nuestros hallazgos computacionales informarán estudios futuros y proporcionarán un marco que los experimentalistas utilizarán para investigar más a fondo estos compuestos. Sólo entonces sabremos si alguno de ellos exhibe las características necesarias para mitigar este virus”, agregó.
Summit dio a los investigadores su enorme capacidad de procesamiento de datos, habilitada por sus 4.608 nodos de servidor IBM Power Systems AC922, cada uno equipado con dos CPU IBM POWER9 y seis GPU NVIDIA Tensorcore V100, lo que le da un rendimiento máximo de 200 petaflops, diseñados para ser más potentes que un millón de portátiles de gama alta.
